De la révolution à l'An II (1793) voit une réorganisation du service avec la création d'un Directoire d'administration des hôpitaux d'un Conseil de Santé.
La Convention le 16 janvier 1793 décrète l'assimilation des officiers de santé avec les grades des officiers des armées.
Pharmacien chef : Général de Brigade
Pharmacien de 1e classe : Chef de Brigade
pharmacien de 2e classe : Capitaine
Pharmacien de 3e classe : Lieutenant
19 mai 1796. Après l'avoir annoncé à plusieurs reprises dans les lois du 7 août 1793 et du 3 ventôse an II (21 février 1794) le gouvernement révolutionnaire se décide à promulguer le 30 floréal an IV (19 mai 1796) un règlement qui décrit les nouvelles tenues des officiers de santé.
Le fond de l'habit-frac et la culotte demeurent gris légèrement plus bleuté qu'au paravent. La coupe différait un peu, au lieu d'être droit par devant, avec ou sans revers boutonnés, l'habit se portait croisé, les revers dégrafés dans le haut. Huit gros boutons les ornaient et les boutonnières étaient en simple poil de chèvre de la couleur du fond.
Les parements devaient être également gris bleuté avec une patte rectangulaire couvrant l'ouverture de la manche.
Le collet suivant la mode du temps était ample et rabattu et distinguait les trois professions du corps de santé. Les médecins noir, les chirurgiens cramoisi et les pharmaciens en vert. Cette couleur verte deviendra depuis 1796 la couleur symbolique de la pharmacie militaire puis civile jusqu'actuellement .
Sur l'image de droite, pharmacien de 1e classe à cheval entouré d'un chirurgien en chef à gauche et d'un médecin inspecteur général à droite règlement de 1796. Selon Acker : aquarelle de Rigo, collection du docteur Gérard.
Sous le Directoire, le règlement du 20 thermidor an VI (7 août 1798) décida que pour les uniformes des états-majors que non seulement le collet mais les revers et les 
parements seraient en velours et de la couleur attribuée à chaque profession, vert pour les pharmaciens, noir pour les médecins et cramoisi pour les chirurgiens.
Ce règlement est important car il décrit pour la première fois comme ornement de l'uniforme du Corps de Santé un attribut médical destiné uniquement aux boutons de la tenue mais qui est demeuré depuis le "Caducée", faisceau de trois banquette (les trois branches de l'art de guérir ), le serpent d'Epidaure (symbole de la prudence) entrelacé autour de ces baquettes. Le faisceau est surmonté d'un coq (symbole de la vigilance de la république).
Les broderies d'or, réduites au minimum ornaient simplement le collet et parfois le parement pour différencier les nouvelles dénominations de pharmacien en chef (inspecteur), première, deuxième et troisième classe.
En 1803 le règlement du 1er vendémiaire an XII (24 décembre 1803), le miroir de la prudence remplace le coq et une branche de chêne et une de laurier symboles des vertus militaires et civiques remplacent la couronne de laurier. Ce même règlement qui correspond à la fin du Consulat 
le bleu national est remplacé par un bleu turquoise dit bleu barbeau ou bleu bleuet. Le chapeau portait un plumet rouge; Le gilet est rouge en hiver et blanc en été. Les bottes étaient de cuir avec des bords rabattus. Malgré le port de l'épée avec dragonne des officiers d'infanterie, les protestations se multiplient et certains officiers démissionnent pour ne pas porter cette couleur bleue très mode à l'époque mais qu'ils jugeaient ridicule.
Cet uniforme est relativement simple et sobre par rapport aux uniformes très chatoyants des officiers des armées de plus les officiers de santé n'avaient pas le droit de porter les épaulettes caractéristiques des officiers dans les armées. Ce fait était considéré xomme particulièrment dévalorisant.
Beaucoup des membres de santé et surtout les médecins et les chirurgiens dans leur régiment portaient l'uniforme de leur Arme ou de leur régiment agrémenté de détails personnels rappelant leur fonction dans le service de santé. Les pharmaciens principalement situés dans les hôpitaux restèrent le plus souvent avec leur uniforme réglementaire.
Ce règlement sera en vigueur jusqu'en 1821 où la décision ministérielle du 4 décembre l'habit-frac devient bleu roi à pans carrés les collets gardent leurs couleurs distinctives, le chapeau est à trois cornes avec plume noire et cocarde mais la dragonne de l'épée est supprimée.
Uniformes du service de santé sous l'Empire
Référence :
Pierre Acker. De l'Apothycaire du Roy au Pharmacien Chimiste des Armées. ORA édition. Paris. 1985
Sylvie Oullieux. Thèse de pharmacie "Contribution à l'histoire de la pharmacie : les pharmaciens de la Grande Armée" université Claude Bernard Lyon I. 5 décembre 1986.
Francis Trépadoux. Histoire des sciences médicales. 2014, XLVIII, n°3, 305-316.